En la década de los años 40 del siglo pasado, Monseñor Felipe Torres Hurtado, M.Sp.S., Administrador Apostólico de la Baja California, se propuso enriquecer el apostolado, cultura y misión religiosa, trayendo a estas tierras a hijos de San Francisco de Asís, fundador de la Orden de Padres Franciscanos.
El 2 de diciembre de 1947, llegaron los primeros Franciscanos: como Párroco y Superior el Padre Fr. Carlos Martínez, OFM, un Padre estadounidense: Fr. Nicolás J. Tinney, OFM, y como Hermano Lego, Fr. Guadalupe Parra OFM.
Nació la feliz idea de construir un Santuario dedicado a la Virgen de Guadalupe, comenzando a hacer realidad aquel sueño con la colocación de la primera piedra el 12 de junio de 1951, contando con la presencia del Vicario Apostólico de la Baja California Excmo. Señor Obispo don Alfredo Galindo Mendoza, M.Sp.S., persona muy querida y de una gran espiritualidad; la asistencia de muchos feligreses y, en calidad de testigos, los Padres Franciscanos: Carlos Martínez, Raymundo Solano; Domingo Muñoz y el Hermano J. Guadalupe Parra.
El 18 de octubre de 1951 llegó a Ensenada Fr. Felipe de Jesús López, OFM, para hacerse cargo de la construcción del Santuario. Fue un decidido, talentoso y tenaz promotor de la obra a la que le dedicó lo mejor de sí mismo, ejerciendo un liderazgo con el apoyo de muchas personas, destacando por su respaldo incondicional Don Esteban Sckutch, Doña Leonor de la Parra y otras damas que formaron un Comité Pro-Obras del Santuario.
El responsable y ejecutor de los planos aprobados por el Definitorio de la provincia fue el Ing. Carlos Macfarland, quien hizo una espléndida obra.
Primero se construyó la nave lateral que da hacia la avenida Juárez, la que una vez terminada se dedicó al culto. A continuación se construyó la nave lateral que da a la calle 6ª y se le convirtió en teatro para reunir fondos, y como fue insuficiente se hizo el Salón Guadalupano y se utilizó como cine para proyectar películas de 16 milímetros, a cargo del joven acejotemero José María Jáuregui Acosta, operador del equipo, apoyado como operador auxiliar por el joven Acejotaemero Heberto J. Peterson Legrand.
El Ing. Macfarland, para el vaciado de la nave central con sus tres bóvedas dejó patente su profesionalismo y talento.
El Padre Felipe mandó hacer una estatua de Cristo Rey, la cual fue fundida en Vaugouleurs, Cantón de Meuse en Francia el año de 1957, con la finalidad de ponerla sobre la cúpula, optando finalmente por ubicarla a un costado del Santuario.
Fray Felipe de Jesús López se ausentó de Ensenada en septiembre de 1959 para cumplir con otras misiones con el alma triste, porque todavía no había construido las torres.
Durante los siguientes 22 años otros frailes Franciscanos: Fr. Fernando Cisneros OFM, Fr. Nicolás Pérez, OFM y Fr. Benjamín Orozco, OFM, siguieron trabajando hacia el interior las obras de mármol negro, el Altar y el Retablo de mármol, toda la cantera interior y los vitrales y una bella Pila Bautismal.
Arriba a Ensenada nuevamente Fr. Felipe de Jesús López el 11 de agosto de 1981, con el afán de construir las torres de su amado Santuario, participando en ello los ingenieros Adolfo Cano, Rubén Corral Rascón y Rodolfo González Téllez. Las torres con sus campanas electrónicas quedaron terminadas en octubre de 1984, teniendo una altura de 36 metros y medio, y fueron bendecidas solemnemente por el Eminentísimo Cardenal Sebastián Baggio, de la Ciudad del Vaticano, el 9 de noviembre de 1984, acompañado del Delegado Apostólico en México, Excmo. Sr. Girolamo Prigione; el Excmo. Obispo don Emilio Berlie Belaunzarán y el M.R.P. Provincial Fr. Cornelio Moya, ofm.
Las cinco pinturas Guadalupanas, bellamente realizadas y que están inspiradas en el Nican Mopohua, fueron realizadas por el pintor Tapatio José Lizaola, terminándolas el 8 de agosto de 1987.
Se consagró como Santuario dedicado a Nuestra Señora de Guadalupe el 12 de septiembre de 1987.
Al formarse la Primera Diócesis de Ensenada, Baja California, el 25 de abril de 2007 y consagrarse el primer obispo en la persona del Excmo. Don Sigifredo Noriega Barceló, el Santuario de Nuestra Señora de Guadalupe pasó a ser Catedral, que es la sede del Obispo y desde donde dirige su Cátedra, por lo que también fue consagrada como tal. Nuestro primer obispo realizo mejoras y reacondicionamiento, lo continuó nuestro segundo Obispo Monseñor Rafael Valdez Torres desde el 31 de Julio de 2013, desde entonces nuestra Catedral, bella y digna, es legítimo orgullo de la grey católica. (Aportación de Heberto J. Peterson Legrand, Cronista Honorario de Ensenada).