La Diócesis de Ensenada está formada por 4 decanatos, siendo estos el conjunto de dependencias eclesiásticas destinadas oficialmente al decano para el desempeño de sus funciones:
-Decanato de Nuestra Señora de Guadalupe
-Decanato de San José
-Decanato de Nuestra Señora del Rosario
-Decanato de María Estrella del Mar
CADA DECANATO ABARCA LAS SIGUIENTES PARROQUIAS:
Decanato de Nuestra Señora de Guadalupe
- Catedral Nuestra Señora de Guadalupe
- Purísimo Corazón de María
- Sagrado Corazón de Jesús
- Nuestra Señora de San Juan de los Lagos
- María Auxiliadora
- Nuestra Señora del Carmen
- Santa Teresita del Niño Jesús
- Santos Mártires de Cristo Rey
- Nuestra Señora de Guadalupe (Valle de Guadalupe)
- Santísima Trinidad (Valle de la Trinidad)
- Nuestra Señora del Perpetuo Socorro
- Nuestra Señora de Guadalupe (Ojos Negros)
Decanato de San José
- Nuestra Señora de Guadalupe (Maneadero)
- Capellanía del Sagrado Corazón de Jesús (Maneadero)
- Inmaculada Concepción (Maneadero)
- San Felipe de Jesús
- Divino Rostro
- San Judas Tadeo
- Nuestra Señora del Refugio
- Cristo Rey (Ensenada)
- San José Obrero
- San Pedro Apóstol
- San Pablo Apóstol
- Capellanía de San Martin de Porres
Decanato de Nuestra Señora del Rosario
- San Vicente Ferrer
- Inmaculada Concepción (Camalú)
- Cristo Rey (Vicente Guerrero)
- Nuestra Señora de Guadalupe (San Quintín)
- San Francisco de Asís (San Quintín)
- Nuestra Señora del Rosario
Decanato de Maria Estrella del Mar
- Nuestra Señora del Carmen
- Sagrada Familia
- Nuestra Señora de los Ángeles